勤怠管理システムと給与計算の連携方法|自動化で二重入力・ミスをなくす

勤怠管理システムと給与計算の連携方法|自動化で二重入力・ミスをなくす

労務更新日:2026-07-06

勤怠管理と給与計算を連携する方法を解説。CSV連携・API連携・一体型システムの違いや、二重入力・転記ミス、締め作業の負担を減らすために導入前に確認すべきポイントを紹介します。

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給与計算では、従業員の出勤日数、労働時間、残業時間、深夜労働、休日出勤、有給休暇などの勤怠データを正確に反映することが大切です。

しかし、勤怠管理と給与計算を別々に運用していると、Excelでの集計や給与計算ソフトへの手入力が発生します。その結果、入力ミスや確認漏れ、締め作業の遅れにつながります。

こうした課題を減らす方法として有効なのが、勤怠管理システムと給与計算システムの連携・自動化です。本記事では、勤怠管理システムと給与計算を連携する方法やメリット、導入前に確認すべきポイントを解説します。

勤怠管理と給与計算を別々に行うと起こる課題

勤怠管理と給与計算を分けて運用すると、給与計算までに確認すべき項目が増えます。ここでは、手作業で処理する場合に起こる主な課題を解説します。

勤怠データの集計や転記に時間がかかる

紙のタイムカードやExcelで勤怠を管理する場合、次の作業を一つずつ行います。

  • 出勤時間・退勤時間・休憩時間・残業時間の照合
  • 勤務日数・労働時間の集計
  • 給与計算に必要な項目の整理

集計した労働時間や残業時間は、給与計算ソフトへ入力し直します。従業員数が多い企業では、対象人数が増える分、給与計算前の準備に時間がかかる点も課題です。

雇用形態や勤務ルールが複数ある企業では、見るべき項目も増えます。正社員、パート、アルバイトで勤務時間や休憩時間の扱いが異なる場合、同じ勤怠データでも確認のポイントが変わる点に注意が必要です。

給与計算ミスや確認漏れが発生しやすい

勤怠データを手作業で集計・転記する運用では、出勤日数や労働時間、残業時間を手入力するため、入力ミスや転記漏れが給与計算結果に直結します。

また、残業・深夜・休日労働がある場合は割増賃金の計算も必要となり、勤務形態や雇用形態によって集計方法が異なる企業ほど、給与計算前のチェック項目が増えます。

給与計算ミスが発生すると、従業員への説明や修正対応が必要になるほか、締め日後の勤怠修正は給与計算のやり直しにつながります。

給与計算前に勤怠データを点検する体制を整えておくことが重要です。

関連記事:【労働基準法改正】2020年4月〜|残業代請求等の変更点を総合的に解説

勤怠締めから給与計算までの作業が属人化しやすい

勤怠締めから給与計算までの確認項目や作業手順が決まっていない場合、業務が特定の担当者に依存します。勤怠データの集計方法や修正時の対応、給与計算ソフトへの入力手順を担当者の経験に頼ると、担当者が変わったときに同じ基準で処理できません。

たとえば、打刻漏れのチェック、残業申請の反映、休日出勤や深夜労働の集計などは、企業ごとの運用ルールに沿って判断します。担当者によってチェック範囲や判断基準が変わると、勤怠締め後の修正や作業のやり直しが発生します。

勤怠締めから給与計算までの流れを安定させるには、作業手順や見るべき項目を整理し、誰が対応しても同じ基準で処理できる体制を整えることが大切です。

勤怠管理と給与計算を連携する方法

勤怠管理と給与計算を連携する方法には、CSV連携API連携一体型システムの利用があります。自社で使っている勤怠管理システムや給与計算ソフトによって、対応できる連携方法は異なります。

ここでは、それぞれの連携方法の特徴を解説します。

CSV連携で勤怠データを給与計算ソフトに取り込む

CSV連携は、勤怠管理システムから勤怠データをCSVファイルで出力し、給与計算ソフトへ取り込む方法です。API連携に対応していないシステム同士でも、CSV形式でデータを受け渡しできます。

ただし、CSV連携では、出力する勤怠項目と給与計算ソフト側の項目をそろえる必要があります。項目名や並び順が合っていないと、正しく取り込めません。

CSV連携を使う場合は、勤務日数、労働時間、残業時間、深夜労働時間、休日労働時間など、給与計算に使う項目を事前に整理しておくことが重要です。

API連携で勤怠管理システムと給与計算ソフトを自動連携する

API連携は、勤怠管理システムと給与計算ソフトをつなぎ、勤怠データを自動で受け渡す方法です。CSVファイルを出力して取り込む手間を減らせるため、毎月の給与計算前の作業を効率化できます。

API連携では、勤怠管理システム側の項目と給与計算ソフト側の項目を事前に設定します。設定後は、給与計算ソフト上で勤怠データを取り込み、給与計算に反映する流れです。

手作業による転記を減らせる一方で、初期設定がずれていると正しく反映されません。API連携を利用する場合も、連携する項目や集計ルールを事前に確認しておくことが重要です。

勤怠管理と給与計算が一体化したシステムを利用する

勤怠管理と給与計算が一体化したシステムとは、同じ会社の同じシリーズの中で、勤怠管理機能と給与計算機能がセットになっているものを指します。勤怠データを締めると、そのまま給与計算の機能に反映される仕組みのため、CSVファイルの出力や外部ソフトへの取り込み作業を減らせます。

このようなシステムでは、勤怠データと給与情報を同じシステム内で扱うため、二重入力や転記ミスの防止にもつながります。

従業員情報や雇用形態、勤務ルールを一元管理できるシステムであれば、情報更新の手間も抑えられます。

ただし、一体型システムを導入する場合も、自社の勤務形態や給与計算ルールに対応できるかを事前に確認する必要があります。導入前に、勤怠締めから給与計算までの流れを整理しておきましょう。

勤怠管理と給与計算を連携・自動化するメリット

勤怠管理と給与計算を連携すると、集計済みの勤怠データを給与計算側へ直接渡せます。転記の手間が減るほか、給与計算前の準備時間も短くなります。

連携によって、次の3点が変わります。

  • 勤務日数や労働時間を給与計算ソフトへ手入力し直す工程が減り、締め日前後の負担が軽くなる
  • 同じ数字を二重に入力しないため、転記漏れや入力間違いが減る
  • 勤怠データが早い段階で揃うため、給与計算前の確認を前倒しできる

空いた時間は、勤怠修正への対応や給与計算後のチェックなど、判断を要する業務に回せます。

連携元の勤怠データに誤りがあると給与計算にも反映される点は変わらないため、データの正確性は引き続き確認が必要です。

勤怠管理と給与計算を連携する前に確認すべきポイント

勤怠管理と給与計算を連携するには、利用中のシステムや勤怠データの項目を事前に整理しておく必要があります。連携方法だけを決めても、自社の勤務ルールや給与計算の設定と合っていなければ、手作業での修正が残ります。

ここでは、勤怠管理と給与計算を連携する前に確認すべきポイントを解説します。

利用中の給与計算ソフトと連携できるか確認する

勤怠管理システムを導入しても、利用中の給与計算ソフトと連携できなければ、勤怠データを手作業で移す運用が残ります。まずは、自社で使っている給与計算ソフトがCSV取り込みやAPI連携に対応しているかを確認します。

あわせて、勤怠管理システム側で出力できるデータ形式も見ておく必要があります。勤務日数、労働時間、残業時間、深夜労働時間、休日労働時間など、給与計算に必要な項目を出力できるかが重要です。

連携できるサービス名だけで判断せず、実際にどの項目を連携できるかまで確認しておくと、導入後の手作業を減らせます。

勤怠データの項目と給与計算ソフトの項目をそろえる

CSV連携やAPI連携を行う場合は、勤怠管理システム側の項目と給与計算ソフト側の項目をそろえます。項目名や並び順が合っていないと、勤怠データを正しく取り込めません。

たとえば、勤怠管理システムでは「残業時間」と表示されていても、給与計算ソフト側では「時間外労働時間」となっている場合があります。深夜労働時間や休日労働時間なども、システムによって項目名や集計単位が異なります。

連携前に、給与計算で使う項目を洗い出し、どの勤怠データをどの項目に反映するのか整理しておくことが重要です。

項目の対応関係を決めておけば、取り込み後の修正作業を減らせます。

雇用形態や勤務ルールに対応できるか確認する

勤怠管理と給与計算を連携する前に、自社の雇用形態や勤務ルールに対応できるかを確認します。正社員、パート、アルバイトなどで勤務時間や休憩時間の扱いが異なる場合、同じ設定では正しく集計できません。

残業・深夜労働・休日労働の集計ルールも確認が必要です。雇用形態や所属部署によって残業の扱いが異なる場合、勤怠管理システム側の設定と給与計算ソフト側の計算ルールをそろえます。

勤務ルールに合わない設定のまま連携すると、給与計算前に手作業で修正する項目が増えます。導入前に、自社の就業規則や給与計算ルールと照らし合わせておくことが重要です。

関連記事:休憩時間のルールを詳しく解説!休憩時間のトラブルや原則

連携後も最終確認のフローを残す

勤怠管理と給与計算を連携しても、すべての確認作業をなくせるわけではありません。打刻漏れ、申請漏れ、勤怠修正の反映漏れなどは、給与計算前にチェックする必要があります。

特に、締め日後に勤怠データを修正した場合は、修正内容が給与計算に反映されているかを見ます。残業時間や休日労働、深夜労働の集計結果も、給与計算前に点検しておくと安心です。

連携後の運用では、誰が、いつ、どの項目を確認するのかを決めておくことが大切です。

最終確認の流れを残しておくことで、システム連携後も給与計算ミスを防ぎやすくなります。

勤怠管理と給与計算の連携はシステム導入だけで解決しない

勤怠管理と給与計算を連携すると、集計や転記の負担は減らせます。一方で、打刻漏れや申請漏れのチェック、給与計算前の点検、運用ルールの整理は引き続き必要です。

ここでは、システム導入後も人の目で整えるべき業務について解説します。

打刻漏れや申請漏れの確認ルールを整える

勤怠管理システムを導入しても、打刻漏れや申請漏れが残っていると、給与計算に使う勤怠データが不正確になります。出退勤の打刻、休憩時間、残業申請、有休申請などは、締め日前にチェックする項目です。

確認ルールが決まっていない場合、担当者によって見る範囲や対応方法が変わります。たとえば、打刻漏れを誰が従業員へ確認するのか、残業申請の未承認分をいつまでに処理するのかを決めておく必要があります。

打刻漏れや申請漏れを放置すると、給与計算前の修正作業が増えます。勤怠締めまでに確認する項目と対応期限を決めておくことで、連携する勤怠データの精度を高められます。

給与計算前のチェック項目を明確にする

給与計算に入る前には、勤怠データの集計結果を点検する必要があります。勤務日数、労働時間、残業時間、深夜労働時間、休日労働時間、有休取得日数など、給与に反映する項目を洗い出します。

チェック項目が決まっていないと、担当者ごとに見る範囲が変わります。給与計算後に漏れが見つかると、再計算や従業員への説明が必要です。

毎月同じ基準で点検できるように、給与計算前に見る項目をリスト化しておくとよいでしょう。チェックリストを用意しておくと、担当者が変わった場合でも作業の抜け漏れを防げます。

関連記事:給与計算の手順をわかりやすく解説!計算の注意点やよくあるミスとは?

担当者が変わっても運用できる体制を作る

勤怠締めから給与計算までの作業が特定の担当者に偏ると、担当者が不在のときに処理が止まります。勤怠データの修正方法や給与計算ソフトへの取り込み手順を担当者の経験だけに頼ると、同じ基準で作業を進められません。

安定した運用には、作業手順や判断基準の整理が必要です。たとえば、打刻漏れの対応方法、未承認申請の扱い、勤怠修正後の再連携手順などを決めておくと、担当者が変わっても対応できます。

勤怠管理と給与計算の連携は、システムだけでなく運用体制の整備も重要です。

誰が担当しても同じ流れで処理できるように、手順書やチェックリストを用意しておきましょう。

しかし、日々の業務に追われながら、自社だけで運用のルール化や属人化の解消を進めるのが難しいケースも少なくありません。その場合は、労務のプロに設計から実務までをアウトソーシングするのも有効な手段です。

自社だけで運用ルールの整備や属人化の解消を進めるのが難しい場合は、労務業務を支援する外部サポートの活用も選択肢になります。

関連記事:【2026年最新版】人事労務アウトソーシングおすすめ11選比較

まとめ

勤怠管理と給与計算を連携すれば、手入力や転記の手間、それに伴うミスを大幅に削減できます。

ただし、システムは万能ではありません。

連携の効果を最大限に発揮するには、打刻漏れのチェックや給与計算前の点検といった「運用のルール化」と「属人化の解消」をセットで進めることが不可欠です。

自社の勤務ルールに合った連携方法と運用体制を整え、毎月の締め作業を効率化していきましょう。

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この記事の監修者

公認会計士・税理士 辻田和弘のプロフィール画像

株式会社Enigol

公認会計士・税理士 辻田和弘

東京大学経済学部卒業後、丸紅株式会社に入社。経理部にて事業投資案件の会計面での検討・支援を担当するほか、子会社の内部統制構築、IFRS導入プロジェクト、全社連結会計システム導入プロジェクトに従事。公認会計士・税理士として長年にわたり会計・税務専門業務に携わった経験を持つ。現在は株式会社Enigolを創業し、Remoba(リモバ)経理・労務の総合監修を担当。スタートアップから中小企業・大企業まで、経理・労務を含むバックオフィス業務全般の支援を行っている。

資格
公認会計士
税理士

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