年末調整の電子化とは？メリット・デメリットと導入の流れをわかりやすく解説

年末調整の電子化は、保険料控除証明書など紙で受け取っていた書類を、XMLデータやPDFなどの電子データで提出できるようにする取り組みです。毎年11月から12月にかけて年末調整の実務を担う担当者は、大量の紙の申告書や控除証明書のハガキに追われ、検算や入力作業に多くの時間を費やしてきました。年末調整の実務は総務・人事・労務が担うことが多いものの、会社によっては経理担当者が兼務するケースなどもあります。以下では、実務を担う人をまとめて「担当者」と表記します。

2020年（令和2年）10月の制度改正により、国税庁が提供する「年調ソフト」などを利用して、保険料控除証明書などの電子データを申告書へ自動で取り込めるようになりました。これにより、年末調整の電子化が進めやすくなっています。さらに令和8年分（2026年分）の年末調整では、基礎控除や扶養親族に関する要件の見直しなど税制改正が適用されます。申告書の様式や計算方法も変更されるため、電子化に対応したシステムを導入しておくことで、制度改正への対応を円滑に進めやすくなります。

本記事では、年末調整電子化の基本的な仕組みから、企業が押さえておくべきメリット・デメリット、失敗しないための社内運用の作り方まで、実務目線で解説します。

年末調整の電子化とは

年末調整の電子化とは、控除証明書や申告書を紙ではなくデータで提出できるようにする仕組みです。

まず、電子化前と電子化後で実務がどう変わるかを見ていきましょう。

紙運用の場合の業務フロー

電子化されていない環境では、年末調整はおおむね次のような流れで進みます。

• 【担当者】申告書の用紙を人数分そろえ、配布する
• 【従業員】保険会社から届いたハガキの控除証明書を見ながら、控除額を手計算して記入する
• 【従業員】記入した申告書にハガキなどの証明書を貼り付けて提出する
• 【担当者】提出内容とハガキを1件ずつ突き合わせて検算し、不備があれば差し戻して再提出してもらう
• 【担当者】確認済みのデータを給与システムへ手入力し、申告書を7年間保管する

このフローは、従業員数が少ない企業でも担当者の負担が大きく、11月から12月にかけて実務の残業が増える一因になっていました。

電子化した場合の業務フロー

一方、電子化した場合は次のように進みます。

• 【担当者】年調ソフトやクラウドサービスへのログイン案内を、メールなどで送る
• 【従業員】保険会社のマイページやマイナポータルから控除証明書のデータを取得し、システムに取り込む
• 【従業員】システムが自動計算した内容を確認し、提出する
• 【担当者】システムが検知した不備がないかを確認する（目視での検算は大幅に軽減できる）
• 【担当者】確認済みのデータを給与システムへ取り込み、年税額を計算する

電子化の対象になる書類

電子データでの提出が認められている主な書類は、次のとおりです。

• 給与所得者の扶養控除等申告書
• 給与所得者の基礎控除申告書兼配偶者控除等申告書兼所得金額調整控除申告書（令和8年分からは特定親族特別控除の申告機能も加わった様式に変更されています）
• 保険料控除申告書（控除証明書を含む）
• 住宅借入金等特別控除申告書（控除証明書を含む）

このうち保険料控除申告書は、控除証明書自体も電子データで取得できる点が特徴です。ただし、給与天引きなどの「団体扱い」で加入している保険については、保険会社によって電子データを発行していない場合があります。住宅ローン控除の証明書についても、居住開始時期や金融機関によって電子データへの対応状況が異なるため、事前に確認しておきましょう。

年末調整の電子化は義務化されている？

年末調整の電子化そのものは、法律で義務付けられていません。

年末調整の電子化は、企業が自社の状況に応じて導入を判断できる仕組みです。国税庁のFAQでも、控除証明書等の電子的提供や電子的な申告書提出は任意であることが明記されています。

ただし例外もあります。令和3年（2021年）1月1日以後に提出する法定調書からは、前々年に法定調書（源泉徴収票など）を種類ごとに100枚以上提出すべき企業は、e-Taxなどによる電子提出が義務付けられています。さらに、令和9年（2027年）1月1日以後に提出する法定調書からは、この基準が30枚以上へ引き下げられます。そのため、令和9年提出分では、令和7年（2025年）分の法定調書を種類ごとに30枚以上提出した企業が電子提出の義務対象となります。この基準に該当する企業では、税務署への提出だけを電子化しても、社内で従業員から回収する年末調整の情報が紙のままでは、結局データへの変換作業が二重に発生してしまいます。該当する企業規模であれば、法定調書の電子提出とあわせて年末調整関連の書類も電子化することで、データ連携や書類管理を効率化しやすくなります。

義務化されていないからといって、紙と電子の運用を両方残すと、運用によっては、かえって担当者の負担が増えることがあります。部署や雇用区分によって運用を分けている企業もあるため、自社に合った統一方針を早めに決めておくことが重要です。

年末調整を電子化するメリット

年末調整の電子化は、従業員の手書き作業と担当者の検算作業の両方を削減します。

従業員側のメリット

従業員は年調ソフトなどを使うことで、控除額の計算を手作業で行う必要がなくなります。複数の控除枠を組み合わせて計算する必要があった保険料控除も、画面の案内に沿って入力するだけで自動計算されるため、記入欄を間違えるといったミスも防げます。

マイナポータルと連携している保険会社であれば、複数の控除証明書をまとめて取得することも可能です。ハガキの控除証明書は毎年10月から11月頃に郵送されますが、紛失してしまうケースも少なくありません。電子データであれば紛失するリスクを抑えられ、再ダウンロードに対応している場合は、必要なときにいつでも再取得できます。

在宅勤務中の従業員にとっては、出社せずに手続きを完結できる点も見逃せません。書類のやり取りのために出社日を調整する必要がなくなるため、テレワーク環境でもスムーズに年末調整を進められます。

担当者側のメリット

担当者にとって最大のメリットは、控除額の検算作業を大幅に削減できる点です。従来は申告書に添付された原票と記載内容を1件ずつ突き合わせていましたが、電子データであれば内容の整合性をシステムが自動で確認します。

用紙を人数分そろえて配布・回収する作業も不要になります。申告内容に不備があった場合の差し戻しや催促も、システムを通じて通知を送るだけで済むため、従業員への問い合わせ件数自体が下がる傾向にあります。

確認済みのデータは給与システムへそのまま取り込めるため、年末調整の時期に発生しがちだった手入力の作業も短時間で終わります。紙の申告書を7年間保管する必要はなくなりますが、電子帳簿保存法に基づき電子データとしての保存義務は残ります。一方で、紙の保管が不要になるため、書庫スペースの確保やファイリング作業にかかる負担は軽減できます。

年末調整の電子化で生じるデメリット・注意点

年末調整の電子化における最大の注意点は、紙と電子の運用が混在すると業務がかえって煩雑になることです。

電子化は義務ではないため、全従業員が一斉に移行するとは限りません。ITスキルに差がある職場では、紙での申告を希望する従業員が一定数残り、担当者は2通りの確認作業を並行して行う必要が生じる場合があります。導入初期には、従業員からの問い合わせが増える点にも注意が必要です。ログインパスワードを忘れた、マイナポータルとの連携方法がわからないといった相談が、提出期限直前に集中しやすくなります。年調ソフトのダウンロードやマイナポータルの利用者登録、マイナンバーカードの取得など、従業員側にも事前に済ませておくべき手続きが複数あるため、周知は早めに行いましょう。

コスト面にも目を向ける必要があります。国税庁が提供する年調ソフトは無料で利用できますが、給与システムとの連携や運用効率を重視して民間のクラウドサービスを導入する場合は、利用料が発生するのが一般的です。また、システムを円滑に運用するためには、一定のITリテラシーも求められます。

印刷代や保管コスト、担当者の残業代と比較しながら、費用対効果を見極めましょう。

さらに、保険会社によっては団体扱いの保険料控除証明書が電子発行に対応していない場合もあります。加入している保険の種類によって、電子化できる範囲が変わる点も押さえておきましょう。

年末調整電子化の進め方

年末調整の電子化は、システム選定、従業員への周知、税務署への届出という順番で進めます。

担当者が準備すること

準備の流れは、次のとおりです。

• 年調ソフトや給与システムと連携できるクラウドサービスを選定する
• 既存の給与システムとのデータ連携方法を確認する
• 従業員への周知スケジュールを組む（2カ月程度の準備期間が目安）

給与システム側が電子データの取り込みに対応していなければ、電子化のメリットを十分に活かせません。ソフト選定の段階で、自社の給与計算フローとどこまで連携できるかを確認しておく必要があります。

従業員が準備すること

従業員側は、勤務先が指定するソフトウェアの取得と、控除証明書データの入手方法の確認が必要になります。控除証明書は、マイナポータル経由で一括取得する方法と、各保険会社・金融機関のWebサイトから個別に取得する方法の2通りです。マイナポータルを利用する場合は、マイナンバーカードと利用者登録が事前に必要になる点も、従業員に伝えておきましょう。

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年末調整の電子化は制度改正への対応力も重要

年末調整の電子化では、導入時の機能だけでなく、制度改正への対応力も重要な選定ポイントになります。

令和8年分（2026年分）の年末調整では、基礎控除や給与所得控除の見直し、新たな「源泉控除対象親族」区分の創設など、制度が大きく変更されます。年末調整は税制改正や申告書様式の見直しに伴って制度が変更されることがあるため、電子化を進める際は、法改正へ迅速に対応できる年調ソフトや給与システムを選ぶことが重要です。システムを比較する際は、法改正への対応方針やアップデートの提供時期、自動アップデートの有無、サポート体制なども確認しておくと、制度変更があった場合でも安心して運用しやすくなります。

年末調整電子化を失敗させないためのポイント

年末調整の電子化を定着させるには、紙と電子の運用が混在しないよう、自社の運用ルールをあらかじめ整備しておくことが重要です。

あらかじめ電子申請への統一を経営層と合意したうえで、従業員に周知すると運用しやすくなります。システムや従業員の事情によっては、一部で紙申請を残す判断もありますが、その場合も社内に共有端末を用意する、操作説明会を開くなど、電子申請へ寄せる工夫をあわせて行うことで、紙と電子の二重運用を最小限に抑えやすくなります。

電子化によって従業員側のメリットを実感しにくいという声も聞かれます。手書きの手間がなくなる一方で、控除証明書データを取得する作業自体は従業員がこなす必要があるためです。そのため、マイナポータルとの連携方法を案内したり、操作マニュアルや説明会を用意したりするなど、証明書取得の負担を軽減するためのサポートもあわせて検討するとよいでしょう。

よくある質問

Q:年末調整の電子化は全企業が対応しなければなりませんか？

A:いいえ、電子化そのものは任意です。ただし、令和8年（2026年）時点では、前々年に提出すべき法定調書が100枚以上となる企業は、法定調書の電子提出が義務付けられています。

Q:マイナンバーカードがないと電子化はできませんか？

A:マイナンバーカードがなくても電子化は可能です。保険会社や金融機関のWebサイトから個別に控除証明書データを取得する方法があるため、マイナポータルの利用は必須ではありません。ただし対応方法は勤務先が導入しているシステムによって異なるため、事前に確認しておきましょう。

Q:年末調整の電子化にかかる費用はどれくらいですか？

A:国税庁が提供する年調ソフトは無料で利用できます。一方、給与システムと連携するクラウドサービスを導入する場合は、従業員数や機能に応じた月額・年額費用が発生するのが一般的です。

まとめ

年末調整の電子化は、控除証明書のやり取りと検算作業を効率化し、担当者と従業員双方の負担を減らす取り組みです。義務化されていない部分も多いため、紙と電子の運用が混在しないよう、社内ルールをあらかじめ整備しておく必要があります。

令和8年分は基礎控除の引き上げや源泉控除対象親族の創設など、申告書の様式自体が大きく変わる一年です。電子化を進める際は、利用しているソフトやシステムが最新の様式に対応しているかを、早めに確認しておきましょう。

年末調整そのものの基本的な流れを確認したい場合は、関連記事も参考にしてください。

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