インボイス経過措置｜8割控除は2026年10月に70%へ。買手の経理対応を解説

この記事の結論

• 免税事業者等からの仕入れに認められていた 80%控除は2026年9月30日で終了します。
• 2026年10月1日からは 70%控除。当初予定の50%から緩和され、終了時期も2031年9月30日まで延長されました（令和8年度税制改正）。
• 買手の経理がやるべきことは ①会計システムの税区分追加 ②社内周知 ③免税事業者との取引額の棚卸し の3点。期限は 2026年9月30日 です。

2023年10月に始まったインボイス制度（適格請求書等保存方式）は、2026年10月1日に大きな節目を迎えます。制度開始から3年間、買手の負担を和らげてきた「8割控除」の経過措置が終了し、控除割合が引き下げられるためです。

この変更は、免税事業者やインボイス未登録の取引先がいるすべての課税事業者の納税額に直接影響します。しかも会計システムの税区分設定と社内の仕訳ルールを事前に変えておく必要があるため、10月1日を迎えてから気づくと修正仕訳の業務が一気に増えます

関連記事：インボイス制度とは？記載事項・登録手続き・免税事業者への影響をわかりやすく解説

経過措置の控除割合スケジュール

改正で「50%」が「70%」に緩和されました

まず押さえるべきは、控除割合のスケジュールが変わったという点です。

制度開始時の設計では、2026年10月1日から控除割合が80%→50%へ一気に下がり、2029年10月1日には控除不可（0%）となる予定でした。しかし令和8年度税制改正により、小規模事業者への激変緩和の観点から、引き下げカーブがなだらかにされ、期限も2年延長されました。

つまり、経過措置の完全終了は2029年10月ではなく2031年10月になりました。「あと3年で経過措置は終わり」という前提で計画を立てていた場合は、見直しが必要です。

注意：緩和されても負担は増えます 「50%より70%ならマシ」と受け取られがちですが、80%→70%は確実な納税額の増加です。後述の試算のとおり、免税事業者との取引が多い事業者ほど影響が大きくなります。

新設された「年間1億円」の上限

もう一点、見落とされやすい改正があります。従来、一の適格請求書発行事業者以外の者（免税事業者等）からの課税仕入れが年間10億円を超える場合、その超過部分には経過措置を適用できないという上限が設けられていました。令和8年度税制改正で、この基準が1億円に引き下げられます。

10億円であれば大企業だけの話でしたが、1億円になると中堅企業でも該当しうる水準です。特定の外注先・フリーランス集団・下請けに大きく依存している業種（建設、運送、システム開発、コンテンツ制作など）は、取引先ごとの年間仕入額を確認しておく必要があります。

適用開始時期などの細部は、国税庁「令和8年度税制改正特集（インボイス経過措置の見直し等）」で最新情報を確認してください。

自社の負担はいくら増えるのか

計算式は次の通り示せます。

増加する納税額 ＝ 免税事業者等からの年間課税仕入れ（税込）× 10/110 × 10%

80%控除が70%控除になると、控除できない部分が10ポイント増えるためです。

さらに2028年10月の50%控除、2030年10月の30%控除の段階では、この差が段階的に拡大します。単年度の資金繰りではなく、5年スパンでのシミュレーションを作っておくことをおすすめします。

まずやるべきは、会計システムから「80%控除」の税区分で計上された取引を抽出し、年間金額と取引先を洗い出す作業です。これがすべての判断の土台になります。

経理がやることリスト｜2026年9月30日までの5ステップ

まず全体像です。詳細は各項目で解説します。

① 会計システム・周辺システムの税区分を更新する

多くの会計システムは「100%控除」「80%控除」「50%控除」の税区分を持っていますが、「70%控除」「30%控除」は追加対応が必要なケースがあります。ベンダーのアップデート提供時期を確認し、9月中に設定を終えてください。

見落としがちなのが、会計システムと連携する周辺システムです。

• 経費精算システム
• 請求書受取システム（AI-OCR含む）
• 販売管理・購買管理システム
• ワークフロー（稟議・支払申請）

会計システム側だけ更新しても、連携元が80%区分で送ってくれば結局手修正になります。データの入口から出口まで一気通貫で確認するのが要点です。

関連記事：経費精算を自動化する方法とは？自動化できる業務・できない業務

② 「仕訳コピー」の運用に注意喚起する

実務で最も多発すると予想される誤りが、過去仕訳のコピーによる税区分の引き継ぎミスです。毎月同じ相手先に同じ内容で支払っている取引を前月仕訳のコピーで起票していると、税区分だけ80%控除のまま残ります。

対策としては、

• 10月度の起票開始前に、経理・各部門へ周知文を出す
• 免税事業者等が相手の定期取引について、テンプレート仕訳・自動仕訳ルールを事前に書き換える
• 10月・11月分の月次で、80%控除区分が残っていないかチェックを1本入れる

の3点をセットで行ってください。特に3つ目のチェックは、月次決算のチェックリストに恒久的に追加しておくと安全です。

③ 9月と10月をまたぐ取引の判定基準を決めておく

「9月に発注して10月に納品」「9月分の役務提供に対して10月に請求」といった期間跨ぎの取引は、支払日や請求書の日付ではなく、課税仕入れを行った時期で控除割合を判定します。

たとえば9月中に引き渡された分は80%、10月1日以降に引き渡された分は70%と、同じ相手先・同じ請求書内でも納品日ごとに使い分ける必要が出てきます。9月末納品分・10月初納品分が混在する請求書の処理ルールを、あらかじめ決めておくと現場が迷いません。

④ 取引先のインボイス登録状況を再確認する

3年前に一度確認したまま、という会社が少なくありません。この3年で課税事業者に転換した取引先もいれば、逆に登録を取り消した先もあります。

効率的に進めるなら、国税庁の適格請求書発行事業者公表サイトが提供するWeb-APIの利用が現実的です。取引先マスタの登録番号を一括で照合できるため、目視確認の工数を大幅に削減できます。件数が多い場合は、この照合を定期的なバッチ処理として組み込むのが望ましい形です。

確認の結果、免税事業者との取引額が大きい場合は、価格交渉や登録の依頼を検討する余地があります。ただし、一方的に取引価格を引き下げたり取引を停止したりすると、独占禁止法や下請法上の問題となるおそれがあります。交渉を行う場合は、双方の状況を踏まえた協議として進めてください。

⑤ 資金繰りシミュレーションを更新する

先に算出した納税増加額を、次期以降の資金計画に織り込みます。消費税は預り金的な性質を持つため、増加分は納付月にまとめて資金流出として現れます。中間納付額の見直しが必要になる可能性もあるため、顧問税理士と早めに確認しておくとよいでしょう。

関連記事：資金繰りってなに？資金繰り表の作り方がわかる！改善方法10選

買手のインボイス制度の対応と業務負担

ここまでの対応が必要になる理由は、インボイス制度が買手の経理にもたらした業務負担を整理すると見えてきます。以下の4つが挙げられます。すでに運用が定着している会社も、10月の切り替えを機に自社の業務フローを点検する観点でご確認ください。

1. インボイスと非インボイスの区別
2. 取引先とのコミュニケーション
3. インボイス制度の要件を満たすものと満たさないものを区別した記帳
4. 例外処理への対応

1. インボイスと非インボイスの区別

インボイス制度の導入により、従来の領収書・請求書等では仕入税額控除の対象とはなりません。これを対象としてしまうと、消費税の計算を間違えてしまう可能性があります。

そのため、買手は、取引先から受け取った領収書・請求書等がインボイス要件を満たしているか一つずつ確認する作業が必要となります。確認するのは以下の4点です。

適格請求書発行事業者の登録番号の記載があるか

税率ごとに区分した対価の額（税込あるいは税抜）の記載があるか

税率ごとに区分した消費税額等の記載があるか

適用税率の記載があるか

このうち登録番号については、記載されているかどうかだけでなく、公表サイトで有効な番号かどうかまで確認する必要があります。記載事項の詳細については、インボイス制度の基礎知識を解説した記事をご確認ください。

関連記事：請求書と領収書にまつわる疑問を説明！書き方や保存方法は？

2. 取引先とのコミュニケーション

請求書等を取引先から受け取った場合、インボイス要件を満たしているかの確認が必要となりますが、確認の結果、取引先の作成した請求書等が要件を満たしていない場合に業務負担が増えます。具体的には、取引先に連絡をして確認し、場合によっては請求書等を再発行してもらう必要があります。

新規の取引先との取引が発生した場合、その取引先が適格請求書発行事業者であるかどうかの確認といったやりとりも発生します。このように取引先とのコミュニケーション負担も生じます。

なお、取引先が作成した請求書等が要件を満たしていない場合、買手が自分で作成した仕入明細書に必要事項を記載し、取引相手の確認を得た文書を保管する方法も認められています。相手が小規模な事業者で書式の対応が難しい場合には、この方法を選択肢として検討できます。

3. インボイス制度の要件を満たすものと満たさないものを区別した記帳

従来、取引を記帳する際には、消費税額が8％の取引と10％の取引、消費税のかからない取引とを区別して記帳する必要がありました。

インボイス制度が始まったことで、会計システムに記帳を行う際には、今までの消費税区分の区別の手間に加えて、受け取った請求書等がインボイス要件を満たすものか満たさないものかを判別できるように記帳する必要があります。つまり、税率と控除区分という2つの軸で判断しなければならず、判断の誤りがそのまま消費税の申告額に影響します。

そして2026年10月からは、この控除区分のうち経過措置に該当する側の割合が、80％から70％に変わることになります。

4. 例外処理への対応

インボイス制度の運用には、インボイス要件を満たした請求書等の保存が不要で、以下のような場合に、帳簿のみの保存で仕入税額控除が認められる規定があります。

① 適格請求書の交付義務が免除される3万円未満の公共交通機関による旅客の運送

② 適格簡易請求書の記載事項（取引年月日を除きます。）が記載されている入場券等が使用の際に回収される取引

③ 古物営業を営む者の適格請求書発行事業者でない者からの古物の購入

④ 質屋を営む者の適格請求書発行事業者でない者からの質物の取得

⑤ 宅地建物取引業を営む者の適格請求書発行事業者でない者からの建物の購入

⑥ 適格請求書発行事業者でない者からの再生資源又は再生部品の購入

⑦ 適格請求書の交付義務が免除される3万円未満の自動販売機及び自動サービス機からの商品の購入等

⑧ 適格請求書の交付義務が免除される郵便切手類のみを対価とする郵便・貨物サービス（郵便ポストにより差し出されたものに限ります。）

⑨ 従業員等に支給する通常必要と認められる出張旅費等（出張旅費、宿泊費、日当及び通勤手当）

経理はこれらの場合、領収書がインボイス要件を満たしていないとしても、通常の帳簿の記帳に加えて「帳簿のみの保存で仕入税額控除が認められるいずれかの仕入れに該当する旨」を記載して、仕入税額控除が認められる消費税区分として記帳していくことが求められます。つまり、経理業務の中で、より記帳の複雑性と業務負担が増加します。

このうち実務で件数が多いのは、⑨の出張旅費と通勤手当です。経費精算システム側のルール設定によって処理の正確性が大きく変わるため、優先して整備しておきたい部分です。

負担を軽くする実務策

少額特例とは｜税込1万円未満は2029年9月30日まで帳簿保存のみでOK

一定規模以下の事業者は、税込1万円未満の課税仕入れについてインボイスの保存が不要で、一定事項を記載した帳簿の保存のみで仕入税額控除ができます。

実務上の価値が大きいのは、経過措置（70%控除）の対象外として本来の100%控除ができる点です。相手がインボイス発行事業者かどうかを確認する必要すらありません。

判定は1回の取引単位で行うため、5,000円の商品と7,000円の商品を同時に購入した場合（合計12,000円）は対象外です。「1商品ごと」ではない点、「1万円以内」ではなく「1万円未満」である点（9,999円はOK、10,000円はNG）に注意してください。

なお、この特例も期限があります。2029年10月1日以降は課税期間の途中であっても適用されなくなるため、少額取引をこの特例に頼って運用している場合は、いずれインボイス回収の仕組みが必要になります。

電子帳簿保存法との合わせ技

インボイスを電子データで受け取った場合、電子帳簿保存法上の電子取引に該当し、電子データのまま保存する義務があります（2024年1月から本格運用）。紙に印刷しての保存は認められません。

逆に言えば、請求書受取をPDF・電子データに寄せて一元化すれば、インボイス要件チェックと電子保存を同じフローに載せられます。制度対応を「二重の負担」にせず「一度の仕組み化」にまとめるのが、負担を減らす最も効果的なアプローチです。

関連記事：帳票とは？種類・保存期間から電子化のメリットまで経理担当者向けにわかりやすく解説

【個人事業主向け】2割特例は3割特例へ

買手としてではなく、自社が小規模事業者として納税する側の話も整理しておきます。令和8年度税制改正で、2割特例の扱いが法人と個人事業者で分かれました。

3割特例の適用に事前届出は不要ですが、要件（前々年の課税売上高1,000万円以下など）の確認は必要です。

また、簡易課税制度や原則課税との比較を行うことが必要です。簡易課税のみなし仕入率は業種ごとに異なり、卸売業は90%（納税は売上税額の1割）、小売業・農業・林業・漁業は80%（同2割）となるため、これらの業種では3割特例より簡易課税のほうが有利になります。またそもそも仕入税額控除の金額が大きい場合（課税売上の７割以上の課税仕入がある場合）は３割特例よりも原則課税が有利になります。

簡易課税を選択する場合は「消費税簡易課税制度選択届出書」の提出が必要です。通常は適用を受けたい課税期間の開始前までですが、2割特例・3割特例の適用を受けた事業者に限り、適用を受けたい年の確定申告期限までの提出が認められています。

システム投資だけでは解決しない理由

ここまで見てきたとおり、2026年10月の対応は「システムを1つ入れれば終わり」という性質のものではありません。

• 会計・経費精算・請求書受取の複数システムをまたいだ設定変更が必要
• 期間跨ぎ取引の判定など、制度知識を前提とした判断が毎月発生する
• 2028年、2030年にも同じ切り替えが待っており、継続的な運用体制が求められる

つまり必要なのは、システムそのものより「システムを使って正しい業務フローを設計できる人材」と「日々の判断を回す人的リソース」です。ここが不足していると、高機能なシステムを入れても手作業と確認作業が残り、経理担当者に負荷が集中します。

選択肢としては次の3つが現実的です。

関連記事：経理アウトソーシングとは？記帳代行との違いと向いている会社を解説

よくある質問

Q. 2026年10月から控除割合は50%ではないのですか？ 制度開始時の予定では50%でしたが、令和8年度税制改正により70%に緩和されました。50%になるのは2028年10月1日からです。

Q. 9月30日までに支払った取引はすべて80%控除ですか？ 支払日ではなく、課税仕入れを行った時期で判定します。商品仕入れは引渡日、役務提供は提供完了日が原則です。9月中に引渡し・提供完了した分は80%、10月1日以降の分は70%となります。

Q. 少額特例を使っている場合、10月以降も影響はありませんか？ 税込1万円未満の課税仕入れで少額特例の要件を満たすものは、経過措置ではなく本来の仕入税額控除の対象なので、控除割合の変更による影響を受けません。ただし少額特例自体が2029年9月30日で終了します。

Q. 会計システムが70%控除に対応していない場合はどうすればよいですか？ まずベンダーにアップデートの提供時期を確認してください。対応予定がない場合は、システムの入れ替えを含めた検討が必要です。2028年・2030年にも税区分の追加が発生するため、継続的に対応されるシステムを選ぶ視点が重要です。

まとめ

2026年10月1日、免税事業者等からの仕入れに係る控除割合は80%から70%に切り替わります。当初予定の50%より緩和され、経過措置の完全終了も2031年9月末まで延ばされましたが、納税額が増えること、そして事前準備が必要なことは変わりません。

期限は2026年9月30日です。残された時間で優先すべきは次の3点です。

1. 会計システムと周辺システムに70%控除の税区分を用意する
2. 仕訳コピーによる税区分ミスを防ぐ社内周知とチェック体制を作る
3. 免税事業者等からの年間仕入額を取引先別に把握し、納税増加額と資金繰りを試算する

そして2028年10月の50%控除、2030年10月の30%控除でも同じ作業が繰り返されます。今回を「その場しのぎの対応」で終わらせず、繰り返し使える業務フローとして仕組み化しておくことが、長期的に経理の負担を最も軽くする方法です。

経理オンラインアウトソーシングサービスのRemobaでは、インボイス制度・電子帳簿保存法に対応したクラウド会計システムの選定・運用設計から、日々の記帳・請求書処理の実務代行までを一体でご支援しています。税区分の設定変更やチェック体制の構築についても、経理実務に精通した専任チームが対応します。まずは資料で対応範囲をご確認ください。